ในพื้นที่ลุ่มน้ำภาคกลางปะกอบด้วย กรุงเทพมหานคร, นนทบุรี, พระนครศรีอยุธยา, สมุทรปราการ, สมุทรสาคร, นครปฐม ชั้นธรณีจะเป็นดินเหนียวและชั้นกรวดทราย ต้องใช้รูปแบบการเจาะแบบน้ำโคลน ซึ่งอาจต้องใช้เวลา 15-30 วันในการขุดเจาะ
จังหวัดสมุทรสาครเป็นพื้นที่ที่มีความหลากหลายในเชิงธรณีวิทยา เนื่องจากตั้งอยู่ในเขตที่ราบลุ่มภาคกลาง ซึ่งประกอบด้วยชั้นตะกอนดินและดินทรายที่สะสมตัวมานานในลักษณะของชั้นตะกอนน้ำพา (Alluvium) ชั้นดินในเขตนี้มีความลึกและประกอบด้วยวัสดุต่าง ๆ เช่น ดินเหนียว ดินร่วน และดินทรายสลับกัน ซึ่งมีผลต่อการสะสมน้ำบาดาลที่แตกต่างกันไปในแต่ละพื้นที่
เนื่องจากสมุทรสาครอยู่ใกล้ชายฝั่งทะเล การรุกล้ำของน้ำเค็มเป็นปัญหาหลักในการใช้น้ำบาดาลในบางพื้นที่ การเลือกจุดขุดเจาะที่เหมาะสมและการวางระบบป้องกันน้ำเค็มจึงเป็นสิ่งสำคัญ
ที่ผ่านมามีการเจาะใช้บาดาลและบำรุงรักษาที่ไม่ถูกต้อง ทำให้ชั้นน้ำจืดถูกชั้นน้ำเค็มรุกล้ำ ทำให้การจะเจาะน้ำจืดขึ้นมาใช้ในเขตสมุทรสาครจึงต้องลึกถึงประมาณ 500 เมตรขึ้นไป